Farmakonisi tiene conexiones de ferry a Agathonisi, Arkyi, Leros, Lipsi y Patmos (Dodecaneso) y Pythagorio/samos (Islas Del Egeo). La conexión de Farmakonisi partiendo de Farmakonisi no está disponible temporalmente por alguna compañía naviera vinculada al sistema de reservas en línea de NetFerry.